Seit 1559 feiert die Kirchengemeinde Deiningen regelmäßig in Klosterzimmern Gottesdienste. Durch die abgerissenen Seitenschiffe gewinnt die Klosterkirche eine unglaublich gute Akustik zum Sprechen und für getragene Choräle. Die lange und wechselreiche Geschichte der Kirche ist in diesen Mauern deutlich spürbar. Klosterzimmern ist einfach ein ganz besonderer Ort, um die Gegenwart Gottes zu spüren.
Kloster der Zisterzienserinnen
Im Jahr 1251 schenkt Rudolf von Hürnheim dem Kloster Stahelsberg (Zwischen Heidenheim und Ursheim im Wald) seinen Meierhof Cimbern an der Egerunter der Bedingung, dass die Nonnen von Stahelsberg ihren Sitz dorthin verlegen. Die Klosterkirche bestimmt er zu seinem Erbbegräbnis. Im Oktober 1252 bestätigt Papst Innozenz IV die Schenkung. 1254 wird das Kloster den Zisterziensern von Kaisheim unterstellt. Zisterzienserinnen unterstehen immer einem Männerkloster und so unterstehen Kaisheim etwa die Konvente von Kirchheim und Klosterzimmern.
1254 wurde mit dem Bau der Kirche begonnen. 1265 wurde die Glocke installiert, der Truchseß von Rechenberg stiftete den Taufstein, der erst in den Wirren um die 12 Stämme 2002 spurlos verschwand. Das Kloster wurde reich bedacht, allein aus den Jahren 1251-1423 sind 160 Schenkungen und Käufe bekannt. Eine Blütezeit erlebte das Kloster um 1334. Damals zählt der Konvent 80 Nonnen, 15 Laienbrüder waren für die Bewirtschaftung eingesetzt und drei Kapläne für die geistliche Betreuung .
Nach dem Bauernkrieg 1525 mit seinem Aufstand des „Deininger Haufens“ im Ries führt die Äbtissin Beatrix von Rechenberg die Reformation im Kloster ein, der Ordensverband mit Kaisheim wird gelöst, die Nonnen legen das weiße Ordensgewand ab und tragen nun schwarze Kleider. Einige heiraten und bekommen vom Kloster eine Mitgift, andere bleiben und die Gemeinschaft lebt von den bisherigen Stiftungen. In der Folge des Schmalkaldischen Krieges werden 1549 die Nonnen verjagt, der Graf von Oettingen-Wallerstein richtet mit Hilfe des Abtes von Kaisheim wieder einen Konvent von 6 Frauen ein, von denen Apolonia Kraft als Äbtissin gewählt wird, sie gilt als unerschrocken und hält auch in schwerer Zeit durch.- 1555 wird das Land dem evangelischen Grafen zurückgegeben, aber erst 1557 endet mit dem Tod von Apolonia Kraft die Klostergemeinschaft.
Klosterzimmern als evangelische Pfarrkirche
1559 wurde das Kloster säkularisiert und die Kirche bestimmte der Oettinger Graf zur lutherischen Pfarrkirche für Klosterzimmern und Deiningen. Seit 1559 finden hier mit kurzen Unterbrechungen evangelische Gottesdienste statt. Von 1569 -1610 war Caspar Peygel Pfarrer im ehemaligen Äbtissinnenhaus von Klosterzimmern. . Bereits 1574 plädierte er wegen der Querelen in Deiningen und des weiten Kirchgangs für eine eigene Pfarrkirche in Deiningen. Aber erst mit dem Simultaneum von 1616 wurde der Gottesdienst in Deiningen möglich und bis 1667 residierten die Pfarrer in Klosterzimmern.
Das Kloster wurde weitgehend als Gutshof geführt, 1716 errichtete man ein Schwefelbad mit Lustgarten im französischen Stil, samt Glashaus, Fasanerie und Orangerie, diese Anlagen gerieten nach 1760 in Verfall. Im 19. Jahrhundert war das Gelände in Pachthöfe aufgeteilt, das Klostergebäude und die Seitenschiffe der Kirche wurden abgerissen.
Im 20 Jahrhundert wieder als fürstliche Domäne betrieben war es ein Hof mit vielen Landarbeitern und dem größten Einzelacker Bayerns mit 300ha.
